不像一般的动画都是刚开始播放就准备发售DVD的做法，《机动新撰组》在13话全部放送完之后，终于才推出了DVD发售决定。

　　豪华的DVD-BOX,共收录了本篇13话的内容DVD6张。还有一张映像特典光盘，收录无字幕OP ED和广井王子主持的cast座谈会。另外还有一张DRAMA CD和一本特制小册子。随DVD赠送一个猫丸公仔跟妖怪许可证。预约特典赠送一张高桥留美子老实所作的海报。

　　《机动新撰组》DVD-BOX将与06年1月27日开始发售。而且只限量生产8000套。